怎么了解WGCNA中的最优软阈值？

  首先是阈值，这个很好懂。高中生物都学过酶促反响，是经过下降生物体内的反响活化能阈值，过了特定的阈值节点，反响才干产生。

  那么这个“软”该怎么解说呢，在这儿需求引证英文原词，概念里的soft对应的是中译应该是“起浮”。听起来有些云里雾里；不过讲到对立面就很好懂，这儿引出软阈值的反义词来进行了解：硬阈值（hard threshold）；硬阈值是指固定的阈值，比方0.8这类的定数。

  但在WGCNA剖析中，固定的阈值挑选很简单漏掉实在gene网络的一些信息，在实在国际里，假如只用一个hard threshold（硬阈值）就能判别二者是否有联络，那也有点太理想主义了。

  假如要问这儿的小儿科详细表现在哪里？那便是表现在实在国际的散布规则，是个无标度网络的散布。并不是所有人得到的联络都差不多；举个比如：明星粉丝许多，所以明星们得到的人与人之间的联络比较于一般人来讲，也是是要多的多的；假如有一个活动要重视者有1500个人才干得到奖赏，那关于一般人和明星来讲，肯定规范（hard threshold=1500）显然是不公正的，那怎么才公正呢？相对公正的做法是：对不同个别运用不同的判别规范，这也便是软阈值的由来。

  了解了软阈值的概念，再接着剖析：由于人群中小部分是明星，而明星们有很多重视者；且人群中大部分是人民群众，他们只要小量重视者。这儿把一个人所具有重视者的数量作为纵坐标，不同数量级的人数散布作为横坐标，如下图：

  将其具象化之后会发现，这个曲线与负数幂运算的曲线规则十分类似，所以创始人就联络性地用幂函数曲线来模仿二者的联络，放回基因中来讲，有的是明星基因，那阈值天然高些，有的是一般基因，那阈值就低一些。

  所以这儿引进soft threshold的概念，就为了对hard threshold进行一个弹性的纠正，让这个阈值灵敏一些，更能习惯实在国际的参数。也便是说先有了hard threshold，但人类发现单单的hard threshold在数据处理中简单失真，所以引进了soft threshold，对hard threshold进行纠正。

  在soft threshold里，详细的纠正办法是什么呢？让我们把目光放回WGCNA这个最初始的概念里，W代表了weighted，也便是“加权”，这便是soft threshold对hard threshold的纠正方法。而权重在数学中的表达方法，便是给初始数据赋予幂，用幂的巨细来表现一个数值的重要程度。假如一个数据很中心，那么它的幂或许式0.96，假如一个数据比较边际，那它的幂或许就只要0.33，这样就能表现不同数据的位置。

  所以，这儿的soft threshold就不再指的是一个固定的值，而指的是幂数。所以在图表中看到soft threshold，一般后边都会跟一个单位（power）来表明幂。